Het Samenwerkingsverband werkt met een kleine organisatie die zich richt op de kerntaken van het samenwerkingsverband.
De uitvoerende verantwoordelijkheden liggen bij een directeur-bestuurder. De directeur- bestuurder is verantwoordelijk voor het realiseren van de doelen en geeft leiding aan de werkorganisatie van het samenwerkingsverband. De directeur-bestuurder werkt op basis van de kaders uit het Ondersteuningsplan en de meerjarenbegroting. De directeur-bestuurder overlegt regelmatig met de Raad van Toezicht en de Ondersteuningsplanraad (OPR).
De werkorganisatie bestaat uit secretariële- en administratieve ondersteuning, twee beleidsregisseurs en adviseurs van het Loket Passend Onderwijs. Bij deze laatste kunnen scholen, ouders en instellingen terecht met vragen over passend onderwijs en toelaatbaarheid. De Commissie Arrangementen en Toelaatbaarheid vervult een centrale rol in de toewijzing van extra ondersteuning.
Samenwerkingsverband V(S)O Duin- en Bollenstreek werkt vanuit het Raad van toezichtmodel. De Raad van Toezicht (RvT) vormt het intern toezichthoudend orgaan van de stichting. De RvT houdt toezicht, geeft advies en is werkgever van de directeur-bestuurder. In de RvT zijn de aangesloten schoolbesturen vertegenwoordigd en is het voorzitterschap belegd bij een onafhankelijk voorzitter. De voorzitter is tevens lid.